A ver si cae la breva... ¿Alguno sabe de alguna forma de pasar .md a .pdf y Epub respetando el etiquetado del Markdown?

Estoy haciendo esto:
~/.local/bin/weasyprint "$DOC.html" "$OUTDIR/$DOC.pdf"
Pero está ignorando las etiquetas del HTML. Luego para Epub uso pandoc "$DOC.md" \
--toc \
--toc-depth=2 \
--metadata title="Titulo" \
--metadata author="Jesús Pavón Abián" \
--title-prefix="" \
-o "$OUTDIR/$DOC.epub"
Pero tampoco me convence, hace cosas rarunas con la tabla de contenido. ¿Alguien se ha peleado con esto alguna vez?

@jpavonabian
Yo hago eso usando Rmarkdown y Bookdown. Lo mismo tienes que apañar alfuna cosa del formato tirando de LaTeX directamente, pero en los años que lo utilizo solo me da alegrías.
@Gwannon