@aperalesf en Thunderbird debes definir la carpeta a donde quieres que vaya y puedes definir una estructura por año o por mes. Hay botón de archivar y puedes definir favoritos que te salen en "mover" del menú de contexto de un mensaje.

Pero me creo que Apple Mail es mucho mejor, no es la primera vez que lo oigo... y aunque Thunderbird me hace feliz después de abandonar el webmail, desde luego que dista de ser idóneo.